Якщо ваш сайт на вашому сервері місцями підгальмовує, або дуже гальмує, а ви не можете вирахувати, чому і вже у відчаї, можна спробувати помоніторити діяльність інтерпретатора php за допомогою команди strace (дана команда для php5-fpm)

strace -f -tt -o /tmp/php.trace -s1024 -p `pidof php5-fpm | tr ' ' ','`

Інформації генерується мегабайти за хвилину (тексту), тому на довго не запускайте. -o - то вихідний файл. Це так, пам'ятка собі, щоб потім не шукати.